我国现行的食品安全标准重叠交叉，缺乏统一。据悉，我国食品标准体系由国家标准、行业标准、地方标准、企业等4级构成。目前，我国共有1070项食品工业国家标准和1164项食品工业行业标准；为了适应进出口食品检验，还有进出口食品检验方法行业标准578项。 
　　
    1、我国食品标准过多过滥，常常令执法部门和企业无所适从 
　　　　
    （1）生产流通和市场秩序之所以如此混乱，食品标准之间相互交叉、相互矛盾是其中原因之一。去年我国辽宁、湖南、河南等地陆续被发现氧化硫残留超标的黄花菜，销量随后急剧下降，菜农及加工企业也因此遭受重大损失。有关部门调查发现，《食品添加剂使用卫生标准》明确黄花菜不属于“干菜”，不得使用硫磺等漂白剂，因此不能有二氧化硫残留；而质检、农业部门的标准中规定“干菜”包括黄花菜，且明确二氧化硫的残留限量是0.1g/kg。相关部门标准互相矛盾，各执一词，不仅给黄花菜的种植、初加工、流通造成极大混乱，更使消费者一头雾水，无法消费。最终国务院有关部门迅速行动，重新确定黄花菜属于“干菜”，二氧化硫残留不得超过0.2g/kg，才使问题得以解决。 
　　　　
    （2）同一类食品国标、行标相互重复的情况也比较突出。小小一个苹果，既有国家标准，又有农业部颁布的无公害标准、绿色标准、苹果外观等级标准，还有原商业部颁布的苹果销售质量标准。最令执法部门头痛的当属标准的技术内容与相关法律不一致。例如，火腿目前共有《火腿卫生标准》等六项标准，其感官指标规定二级鲜度的色泽，表面可以有霉点，组织状态，肉身稍软，气味、风味略咸，脂肪有轻度酸败味。但《食品卫生法》第六条：“食品应当无毒，无害，符合应当有的营养要求，具有相应的色、香、味等感官形态。”两条关于感官指标规定显然不一致，这必然大大降低了《火腿卫生标准》的使用价值，给食品卫生监督执法带来不少困难。 
　　　　
    （3）标准越多、内容越细不一定就能保障消费者的安全健康，同一产品没有必要制定众多标准，多标准就等于没标准，实际上只有一个行业标准就完全可以了。同一产品有几个标准，并且检验方法不同、含量限度不同，不仅给实际操作带来困难，也无法适应目前食品的生产及市场监管需要，亟待尽快协调统一，这既有利于企业去遵循和执行，也有利于有关部门监管执法。 
　　　　
    2、标准残缺：适用性较差 
　　　　
    虽然我国食品安全标准总共将近3000项，但在某些方面的空白和不配套依然是其无法回避的“硬伤”。目前我国相关标准结构不配套，内容不全面，指标设计涵盖范围窄且存在空白，再加上检验方法不配套，计量单位不规范，由此导致标准的适用性较差。 
　　　　
    据了解，与国际食品法典委员会（CAC）、国际标准化组织（ISO）、的标准体系相比，我国果蔬标准缺乏一些重要食品加工原料的质量标准和分级标准，无法实现对产品质量认证及优质优价，贮藏运输及包装标识标准不能满足果蔬贮藏流通需要，果蔬制品中目前还没有二氧化硫、镉、砷、汞等有害物质含量的检测方法标准。